Muzeum Gdańska składa się z dziesięciu oddziałów.
Ratuszu Głównego Miasta
Za główną siedzibę uważany jest Ratusz Głównego Miasta, w który niegdyś urzędowali włodarze Gdańska. Osobliwością Ratusza jest Wielka Sala Rady, nazywana potocznie Salą Czerwoną z bogatym, pełnym przepychu wystrojem wnętrza zaliczanym do najcenniejszych w Europie. Na stropie znajduje się piękny plafon, z centralnie usytuowanym obrazem Apoteoza Gdańska autorstwa Izaaka van den Blocke, a na ścinie cykl obrazów Hansa Vredemana de Vries. Snycerka i przepych dekoracji tworzy wyjątkowy klimat i ukazuje bogactwo ówczesnego Gdańska.
Dwór Artusa
W sąsiedztwie Ratusza znajduje się oddział Muzeum – dawny dwór bractw rycerskich Dwór Artusa. Już od samego wejścia witają nas królowie Zygmunt III Waza oraz jego syn Władysław IV. Wielka Sala licząca ponad 12 m wysokości zachwyca przestrzenią i wysmukłymi kolumnami, które podtrzymują strop.
Renesansowy piec kaflowy pochodzący 1545r. jest największym piecem jaki powstał w tamtych czasach w Europie. Wystrój malarski wnętrza Dworu Artusa składa się z oryginalnych dzieł i ich kopi. Modele statków są doskonałym nawiązaniem do morskich tradycji Gdańska, a rzeźba św. Jerzego dawnego patrona bractwa jest doskonałym uzupełnieniem kolekcji.
Dom Uphagena
Kolejnym oddziałem Muzeum, który znajduje się przy Drodze Królewskiej jest Dom Uphagena. Kamienica, którą w przeszłości zamieszkiwał bogaty kupiec Jan Uphagen, wielki miłośnik sztuki, została wyposażona przez gospodarza w najwyższej klasy meble. Umierając, zostawił testament, w którym polecił nie zmieniać wystroje jego domu. Ostatnia wola została wypełniona, a wydzierżawiona przez miasto kamienica została przekształcona na Muzeum Wnętrz Mieszczańskich.
Muzeum Nauki Gdańskiej
Siedziba tego oddziału znajduje się w wieży Kościoła pw. Św. Katarzyny. To jedyne takie miejsce w Polsce, w którym konserwuje się mechanizmy zegarowe. Kolekcja prezentuje przedmioty pochodzące od XV do XX wieku. Najdokładniejszy na świecie zegar pulsarowy oraz kolekcja zegarów żuławskich to osobliwości tej wystawy.
Muzeum Bursztynu
Siedziba znajduje się w dawnym Wielkim Młynie. Na dwóch piętrach prezentowany jest bursztyn w przyrodzie, pochodzenie bursztynu, jego cechy, kolory i właściwości. Można obejrzeć inkluzje roślinne i zwierzęce, bursztyn w przyrodzie, podziwiać największą bryłę bursztynu na świecie, wpisana do Księgi Rekordów Guinessa. Gotowe wyroby od szkatuł, ołtarzy domowych, gier, biżuterii, martwej natury, drobnych przedmiotów, miniaturek mebli, kufli po bursztynowa gitarę.
Twierdza Wisłoujście
Wodna Twierdza Wisłoujście zlokalizowana w bezpośrednim sąsiedztwie półwyspu Westerplatte. Ten ważny strategicznie obiekt obronny miasta, który strzegł wejście do portu na Martwej Wiśle, stanowi obecnie jeden z najcenniejszych tego typu zabytków w Europie.
Wartownia nr 1 na Westerplatte
To jedna z najlepiej zachowanych przedwojennych budowli obronnych. W jej wnętrzu zorganizowana została wystawa związana z obroną we wrześniu 1939 roku. Wśród eksponatów zrekonstruowanej Wartowni numer 1, zobaczyć można kurtkę mundurową majora Sucharskiego, tablicę z przebiegiem działań wojennych i opisami historii od kurortu po kapitulację, przedmioty wojskowe oraz fotografie.
Muzeum Poczty Polskiej
Oddziałem prezentującym pamiątki z czasów II Wojny Światowej jest też Muzeum Poczty Polskiej. Celem tego oddziału jest zachowanie pamięci o Obronie Poczty Polskiej w Gdańsku i szerzenie wiedzy na temat tych tragicznych wydarzeń, które miały miejsce w Polskim Urzędzie Pocztowym w Gdańsku w dniu 1 września 1939r.
