Jego budowa rozpoczęła się w 1922 roku, a nową świątynię konsekrowano w święto Matki Boskiej Królowej Polski 3 maja 1924 roku. Projektantami kościoła byli Marian Baranowski i Roman Wojkiewicz. Architektura nawiązuje do polskich kościołów z renesansu i baroku. Kościół oraz jego wyposażenie powstało z datków mieszkańców ówczesnej Gdyni. Ołtarz główny, z obrazem Matka Boża Pocieszenia, namalowany przez Jana Rutkowskiego, został ufundowany przez Stanisława Wachowiaka, ówczesnego Wojewodę Pomorskiego.
W czasie II wojny światowej kościół zmieniono na świątynię ewangelicką, a pracujących w niej księży aresztowało gestapo. Po zakończeniu wojny kościół przeszedł znów w ręce katolików. W związku z wzrastającą liczbą wiernych obok wybudowano nowoczesny kościół, którego budowę zakończono w 1986 roku. W tym samym roku na placu przed kościołem postawiono pomnik Jana Pawła II. Obecnie kościół NMP Królowej Polski, powiększony o powojenną kaplicę św. Józefa i św. Maksymiliana Kolbe. W listopadzie 2018 roku papież Franciszek podniósł kościół do rangi bazyliki mniejszej, a w maju 2019 roku publicznie ogłoszono decyzję papieża.
