Pierwszy drewniany kościół w Kwakowie zbudowano prawdopodobnie w 1208 roku. Po pożarze w XIV wieku, zbudowano kościół murowany z cegły (jeden z najstarszych zabytków w tej części Pomorza), z typowymi ozdobami z cegły glazurowanej, czego ślady są widoczne na froncie wieży. Kościół gotycki podlegał licznym naprawom. Tak, w XV wieku przemurowano zapadnięty portal wejściowy. Mimo posadowienia na gruncie piaszczystym, z powodu zalegania w głębszych warstwach torfu, podstawa kościoła często obsuwała się, skąd liczne pęknięcia. W XVII wieku kościół opanowali protestanci. Na przełomie XVII / XVIII wieku rozbudowano wieżę, zmieniając hełm na obecny. W XIX wieku kościół okazał się za mały i w 1863 roku został rozebrany. Z licznych na tym terenie głazów narzutowych zbudowano większy kościół w stylu pseudogotyckim, pozostawiając ceglaną wieżę. Budowę zakończono w 1865 roku. Ślady okien w wieży dokumentują wysokość pierwotnego kościoła. W początkach XX wieku przeniesiono cmentarz grzebalny z terenu przykościelnego pod las w stronę Lubunia. Na plebani zachowała się księga chrztów i zgonów z XVIII wieku. Po 1940 roku kościół powrócił we władanie katolików. W latach 1959-60 usunięto charakterystyczne empory (balkony) i ustawiono neogotycki ołtarz N.M. Panny. W latach późniejszych na miejsce posadzki ułożonej z gotyckiej cegły (pochodzącej z rozbiórki gotyckiego kościoła) – położono nową posadzkę z płytek ceramicznych. W roku 1973 teren kościoła otoczono nowym ogrodzeniem. Budynek kościoła został wybudowany w 1863 roku. Wieża kościoła jest najstarszą częścią obiektu pochodzącą z przełomu XIV i XV wieku. Korpus starej świątyni został rozebrany w 1863 roku i w jej miejsce wzniesiono nowy budynek z kamienia z wieżą ceglaną nakrytą dachem czterospadowym z ośmioboczną latarnią.