Pomieszczenia najprawdopodobniej przestały być użytkowane po spaleniu miasta przez Krzyżaków w 1308 roku. Pod koniec XIV wieku zostały zaadoptowane na piwnicę pod nowym, gotyckim krużgankiem klasztornym.

Ekspozycja muzealna skupia się na architekturze obiektu. Oryginalne mury stanowią 3/5 kubatury włącznie ze znacznymi partiami unikatowego na skalę Polski systemu sklepień. Odpowiednie oświetlenie podkreśla walory architektoniczne wnętrza, kieruje uwagę na cztery pola sklepień eliptycznych wspartych na pendentywach oraz centralnym filarze. Z głośników odzywa się wirtualny przewodnik a zmiany natężenia i barwy światła wskazują poszczególne detale i pomagają podążać za komentarzem.

Dodatkowo prezentowany jest dziesięciominutowy film z animacjami 3D obrazujący historię Kępy Dominikańskiej. Pokazana jest rekonstrukcja pierwszego kościoła przekazanego w 1227 roku oo. Dominikanom przez księcia Świętopełka, jego kolejna faza po przebudowie przez zakonników oraz zabudowania klasztorne na tle XIII-wiecznego Gdańska.

Na wystawie zobaczyć można ponadto przeszło 100 zabytków pozyskanych w trakcie badań m.in. ozdoby, wyposażenie kuchni, naczynia, narzędzia czy kolekcję dewocjonaliów, w tym medaliki, różańce, a także enkolpion kijowski z XII wieku – najdalej na północ wysunięte znalezisko tego typu. Na uwagę zasługuje też ossuarium z początku XVII wieku zachowane in situ, w stanie nienaruszonym od chwili zdeponowania kości.

Warto wybrać się również do pozostałych oddziałów Muzeum Archeologicznego w Gdańsku:

• Muzeum w Gniewie
• Grodzisko w Sopocie
• Muzeum Archeologiczne w Gdańsku
• Spichlerz „Błękitny Baranek”