Początkiem Opery Bałtyckiej było powołane w lutym 1949 roku przez Iwo Galla Studio Muzyczno-Dramatyczne. Jesienią 1949 roku powstało przy Filharmonii Bałtyckiej Studio Operowe. W roku 1953 nastąpiło połączenie Studia z Filharmonią Bałtycką w jeden organizm - Państwową Operę i Filharmonię Bałtycką.
W latach 2008-2016 dyrektorem Opery Bałtyckiej w Gdańsku był Marek Weiss, za kadencji którego instytucja uznana została przez telewizję BBC za jeden z dziewięciu najlepszych teatrów operowych Europy, obok londyńskiej Royal Opera House Covent Garden, Teatro del Liceu w Barcelonie, Opera La Monnaie w Brukseli czy Opera w Amsterdamie. Opera Bałtycka brała udział w wielu międzynarodowych projektach kulturalnych. Dwukrotnie uczestniczyła w Międzynarodowym Konkursie i Festiwalu Operowym realizowanym pod patronatem Telewizji Mezzo.
W 2011 roku Opera Bałtycka w Gdańsku oraz Miasto Gdańsk zapoczątkowali cykl zamówień kompozytorskich Opera Gedanensis. Pierwsze dzieło cyklu – prapremiera opery Elżbiety Sikory Madame Curie w reżyserii Marka Weissa, zostało zaprezentowane publiczności w Paryżu (15 listopada 2011 roku), w ramach oficjalnego Programu Kulturalnego Polskiej Prezydencji w Radzie UE. W roku 2014 opera Madame Curie została pokazana na scenie Tianjin Grand Theatre w Chinach. Listopad 2015 roku to prapremiera kolejnego spektaklu z cyklu Opera Gedanensis – opery Zygmunta Krauzego, z librettem Krystyny i Blaise’a de Obaldia, Olimpia z Gdańska w inscenizacji i reżyserii Jerzego Lacha. Kolejna, szeroko zapowiadana odsłona cyklu, to Sąd Ostateczny Krzysztofa Knittla, którego premiera odbyła się w listopadzie 2017 roku.
We wrześniu 2016 roku stanowisko dyrektora Opery Bałtyckiej w Gdańsku objął prof. Warcisław Kunc, dyrygent i manager kultury. Działalność teatru opiera na czterech filarach, tj. operze, balecie, edukacji i tutti (wydarzeń towarzyszących dedykowanych nie tylko miłośnikom opery) oraz powrocie baletu klasycznego na deski Opery Bałtyckiej w Gdańsku.
W ramach działań funkcjonuje wiele pomniejszych projektów: Opera Tu! Tu! to propozycja dla najmłodszych melomanów i ich rodziców. Spotkanie w formie spektaklu gwarantuje dzieciom spędzenie wolnego czasu w atrakcyjny sposób, zaś dorosłym możliwość towarzyszenia w zaczarowanym świecie tańca, śpiewu i muzyki. Każdy odcinek przedstawienia to okazja do poznania innego operowego zagadnienia i znalezienia odpowiedzi na liczne pytania zadawane przez dzieci. Opera na start oferta skierowana do dzieci w wieku 0-3 lata i ich opiekunów.
Opera od kulis to propozycja dla wszystkich zainteresowanych sekretami teatru operowego. Projekt kierowany jest do grup zorganizowanych, chcących obejrzeć i poznać miejsca w Operze na co dzień niedostępne dla widzów. Operowy Chór Dziecięcy to z kolei zaproszenie dla najmłodszych operowych odbiorców zainteresowanych śpiewem, którzy są zachęcani do rozwijania swoich wokalnych talentów pod okiem zawodowego muzyka. Taneczna paczka to warsztaty tańca klasycznego, współczesnego oraz nowoczesnego dla dzieci, młodzieży i dorosłych w Operze Bałtyckiej w Gdańsku. Zajęcia na różnym poziomie zaawansowania prowadzą doświadczeni tancerze Baletu Opery Bałtyckiej w Gdańsku. To propozycja dla wszystkich, którzy chcą rozwijać zdolności i pasję do tańca oraz muzyki, zarówno dla rozpoczynających przygodę ze sztuką tańca, dla pasjonatów, jak i przyszłych profesjonalistów.
Opera Bałtycka nie tylko edukuje, ale także wspiera młodych i zdolnych twórców – od sezonu 2016/2017 została nawiązana współpraca z Uniwersytetem Gdańskim, dzięki której studenci mogą aktywnie uczestniczyć w działaniach operowych, np. poprzez obecność na premierach studenckich i związanych z nimi panelach dyskusyjnych. W Operze miejsce dla siebie odnaleźli również studenci i absolwenci Akademii Sztuk Pięknych, których prace uświetniają premiery i spektakle repertuarowe teatru operowego.
Balet Opery Bałtyckiej to muzycy-profesjonaliści, którzy ukończyli wszystkie szczeble edukacji tanecznej. Układy taneczne prezentowane przez zespół Opery Bałtyckiej opierają się na kontaminacji baletu klasycznego i elementów tańca współczesnego, więc tancerze muszą wykazać się ponadprzeciętnymi zdolnościami. Wszystko po to, aby prezentowane przez Operę spektakle baletowe były charakterystyczne i nowatorskie, a tym samym – atrakcyjne dla widza.
Od 2016 roku Opera Bałtycka w Gdańsku jest członkiem Stowarzyszenia Opera Europa. W ramach współpracy bierze udział w organizacji Europejskich Dni Opery (European Opera Day), które odbywają się na początku maja.
Opera Bałtycka w Gdańsku jest instytucją kultury Samorządu Województwa Pomorskiego.