Na kompleks muzealny składają się: Brama Człuchowska - zwana dawniej Kamienną, jedna z trzech bram wjazdowych do miasta, mieszcząca ekspozycje muzealne, Baszta Wronia, Baszta Szewska - ze specjalistyczną biblioteką muzealną, Dom Szewski, Dom na Murach oraz Baszta Kurza Stopa z Galerią Współczesnej Sztuki Polskiej.
Muzeum funkcjonuje w sześciu zabytkowych obiektach w ciągu zachowanego fragmentu średniowiecznych murów obronnych w centrum miasta Chojnice.
Do muzeum należą również: gromadzona od 1926 r. kolekcja historyczno-regionalna Albina Makowskiego – urządzona w mieszkaniu kolekcjonera oraz zamiejscowa ekspozycja archeologiczna w sąsiedztwie rezerwatu Kręgi Kamienne w Odrach, dokumentująca kulturę materialną i duchową Gotów.
Kolekcje w Bramie Człuchowskiej
Z przeszłości Chojnic. Od średniowiecza do czasów II Rzeczypospolitej
Na wystawie zaprezentowanych zostało przeszło dwieście obiektów z okresu od XIV w. do schyłku II Rzeczypospolitej. Do najstarszych należy skarb monet krzyżackich z XIV-XV wieku. Ważną część ekspozycji stanowią obiekty dokumentujące kulturę mieszczańską Chojnic, jak m.in. zabytki cechów miejskich, pamiątki strzeleckiego bractwa kurkowego w Chojnicach o średniowiecznym rodowodzie; część prezentowanych zabytków związana jest z konkretnymi osobami, które mieszkały w Chojnicach na przestrzeni wieków. Jednym z ciekawszych jest, wcześniej nie eksponowana, pochodząca z połowy XVIII wieku kołatka, która znajdowała się niegdyś na domu piekarza Johana Fryderyka Felscha.
Na ekspozycji pokazano również militaria, przedmioty obrazujące dzieje chojnickiego samorządu, rzemiosła czy organizacji społecznych.
Materialne dziedzictwo regionu Kaszub Południowych
Stała wystawa etnograficzna obrazująca sferę wiejskiego życia codziennego w regionie chojnickim na przełomie XIX i XX w. Eksponaty, zgromadzone w zbiorach muzeum w Chojnicach, pochodzą od przedstawicieli wszystkich grup etnicznych, terytorialnie usytuowanych wokół Chojnic, takich jak: na północy – Gochy, Borowiacy kaszubscy, Zaboracy, Borowiacy tucholscy oraz grupy mieszane – w tym Kosznajdrzy – na południu.
Ukazano głównie te obszary kultury materialnej, które najbardziej wyróżniają Kaszuby spośród innych regionów. Na wystawie skupiono się szczególnie na urządzeniu wnętrza mieszkalnego, wyposażeniu go w przedmioty codziennego użytku, a także ukazaniu podstawowych zajęć, będących źródłem utrzymania oraz wykorzystujących bogactwa naturalne kaszubskiej ziemi. Zaprezentowano akcesoria i popularne narzędzia do hodowli pszczół, połowu ryb i obróbki włókna. Na ekspozycji zaakcentowano także wyróżniające Kaszuby elementy małej architektury, tzw. Boże Męki – krzyże i kapliczki przydrożne, pełniące nadal ważną rolę w kulturze tego regionu.
Non multa, sed multum. Wartość przywrócona. Zbiory Muzeum Historyczno-Etnograficznego w Chojnicach po konserwacji
Ideą wystawy jest zaakcentowanie podstawowej misji muzeum, jaką jest ochrona dziedzictwa kulturowego, poprzez prezentację zakonserwowanych muzealiów z wszystkich dziedzin reprezentowanych w chojnickim muzeum. Tytuł wystawy, ujęty w sekwencję łacińską: Non multa, sed multum, wskazuje, że wartość wybranych, ze względu na ograniczoną powierzchnię wystawienniczą, zabytków jest nie do przecenienia. Konserwacje prezentowanych obiektów przeprowadzono w większości w pracowniach toruńskich konserwatorów na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika.
Na wystawie zwracają uwagę, przywrócone do świetności, obrazy z XVIII-XIX w., pozyskane do zbiorów muzeum przez jego założyciela Juliana Rydzkowskiego po 1945 r. Kolekcję Albina Makowskiego reprezentują zakonserwowane starodruki i rękopisy (XVI-XIXw.), związane z tradycją chojnickiego gimnazjum czapki uczniowskie i ważny dla historii Chojnic sztandar z orłem białym. Wystawę wzbogacają zabytki pozyskane w drodze badań archeologicznych w Leśnie i Odrach – m.in. naczynia terra sigillata z okresu rzymskiego, a także odkryty w 2014 r. tzw. brązowy skarb z Charzyków.
Kolekcja historyczno-regionalna Albina Makowskiego
Kolekcja historyczno – regionalna Albina Makowskiego (1908-1982) – prawnika, regionalisty, miłośnika Chojnic – udostępniona przez Muzeum w Chojnicach w dawnym mieszkaniu kolekcjonera, mieści się na parterze kamienicy przy ul. Drzymały 5. Jej początki sięgają 1926 roku. Kolekcja obejmuje archiwalia, pamiątki rodzinne, zabytki związane z historią Chojnic i etnografią regionu, numizmaty, rzeźbę, malarstwo, broń białą i rzemiosło artystyczne.
Do najcenniejszych należą: dokument księcia pomorskiego Barnima X z 1557 r., retabulum ołtarzowe wykonane przez Davida Bohra w 1765 r. oraz okazy chińskiej porcelany. Cenny księgozbiór liczący 4831 pozycji, zawierający 28 starodruków, przechowywany jest w formie wydzielonego zbioru w bibliotece muzealnej. Kolekcja w 1963 r. została wpisana do rejestru zabytków. Zgodnie z wolą Kolekcjonera przekazana testamentalnie miastu, od 1983 należy do Muzeum Historyczno-Etnograficznego w Chojnicach.
