Początkowo w czasach reformacji był pod nadzorem ewangelików, zaś kolejny starosta Bartłomiej Tylicki skutecznie poczynił starania o przekazanie go katolikom. Od tego momentu cała parafia będzie w rękach rodu Wejherów, z których ostatni Jakub przebudował kościół z drewnianego na murowany. Od 1644 przez 3 lata trwały prace podczas których dobudowano zakrystię nad którą znajdowała się prywatna kaplica Wejherów. W kolejnych latach kościół otrzymał wieże, gdzie zainstalowano pozłacany hełm z kulą i chorągiewką z datą 1714r. Na pamiątkę potomnych, spisano dokumenty – rodzaj kroniki dziejów miasta i kościoła, i umieszczono je w pozłacanej kuli.

Kościół znajduje się na Pomorskiej Drodze św. Jakuba

W 1926 roku rozpoczęto przebudowę kościoła gdyż ten okazał się zbyt mały na potrzeby parafii. Oprócz samego budynku kościoła, wieża zyskała prawie 14 dodatkowych metrów wysokości, a same mury podwyższono o 4 metry. Obecnie kolorystyka ołtarza głównego została przywrócona do oryginalnego stanu. Do świetności przywrócono organy z 27 rejestrami, balustrady, konfesjonały oraz schody.