Muzeum powstało dzięki staraniom naukowców i zaangażowaniu gdańskich bursztynników, którym zależało, aby powróciła do Gdańska przedwojenna tradycja gromadzenia i badania przyrodniczych okazów bursztynu. Inicjatorem utworzenia pracowni był ówczesny kierownik Katedry prof. dr hab. Ryszard Szadziewski.

Uniwersyteckie zbiory inkluzji to kolekcja przyrodnicza, która przechowuje materiały do badań taksonomicznych i jednocześnie stanowi bazę do poznania trzeciorzędowej bioróżnorodności, paleobiologii i paleoekologii. Przez 20 lat muzealnej działalności udało się zgromadzić prawie 6 tysięcy bryłek z ponad 14 tysiącami zooinkluzji. Jest to bardzo dużo zważywszy, że prawie całość kolekcji to dary bursztynników, naukowców, studentów i osób życzliwych idei tworzenia zbiorów bursztynu w Uniwersytecie Gdańskim.

W kolekcji 95% stanowią bezkręgowce zachowane w bursztynie bałtyckim. Pozostała, niewielka cześć, to inkluzje zwierzęce z innych grup taksonomicznych, inkluzje roślinne a także inkluzje zachowane w innych żywicach kopalnych.

Najcenniejszymi okazami w kolekcji są holotypy – okazy typowe na podstawie, których opisano gatunki nowe dla nauki. Uniwersytecka kolekcja może się pochwalić ponad 50 typami deskrypcyjnymi, wśród których są muchówki, pluskwiaki, chrząszcze, błonkówki, siatkoskrzydły, jętka, ważka oraz roztocze.

Integralną, a zarazem najbardziej atrakcyjną częścią Muzeum jest stała ekspozycja edukacyjna „Życie w lesie bursztynowym”. Jej wykonanie zostało sfinansowane ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko. Bursztyny prezentowane na wystawie to w większości dary gdańskich bursztynników.