Początki muzeum sięgają lat 20 XX w. Wciąż powiększające się zbiory znajdowały swoje miejsce w różnych placówkach, począwszy od rezydencji biskupa w Toruniu, przez gdańskie Collegium Marianum, aż do obecnie zajmowanego gmachu, wkomponowanego w latach 80. XX w. w kompleks zabudowań dawnego klasztoru cystersów, obecnej kurii biskupiej.
W pelplińskim muzeum najcenniejszy skarbem jest jedyny w Polsce dwutomowy egzemplarz Biblii Gutenberga.Na wystawie prezentowana jest jej kopia.
Na parterze prezentowana jest wystawa czasowa związana z Kardynałem Stefanem Wyszyńskim.
Kopia Biblii Gutenberga w Muzeum Diecezjalnym. fot. Pomorskie Travel
I piętro
Prezentowana kopia biblii Gutenbera oraz rzeźby gotyckie,
Rzeźby w Muzeum Diecezjalnym. fot. Pomorskie Travel
