Początki muzeum sięgają lat 20 XX w. Wciąż powiększające się zbiory znajdowały swoje miejsce w różnych placówkach, począwszy od rezydencji biskupa w Toruniu, przez gdańskie Collegium Marianum, aż do obecnie zajmowanego gmachu, wkomponowanego w latach 80. XX w. w kompleks zabudowań dawnego klasztoru cystersów, obecnej kurii biskupiej.
W pelplińskim muzeum najcenniejszy skarbem jest jedyny w Polsce dwutomowy egzemplarz Biblii Gutenberga.
Muzeum Diecezjalne w Pelplinie jest kluczową instytucją kultury dla Pomorza, a szczególnie dla Kociewia i Kaszub.
Na parterze prezentowane są wystawy czasowe.
I piętro
Prezentowana jest Biblia Gutenbera oraz rzeźby gotyckie,