Położony tylko kilkadziesiąt metrów od dawnego kościoła cysterskiego, dzisiejszej bazyliki archikatedralnej. Kościół św. Jakuba był określany „za bramą”, wzniesiony w najwyższym punkcie starej Oliwy.

Kościół znajduje się na Pomorskiej Drodze św. Jakuba

Obecny wystrój zawdzięcza odbudowie po pożarze w XVI w.

Fundatorem dzisiejszego barokowego wyposażenia był opat Jacek Rybiński (1740-1782). Ołtarz główny, ambona i konfesjonał zbudowane zostały w lokalnym zakonnym zakładzie snycerskim w XVIII wieku.

W ołtarzu głównym  w górnej części znajduje się obraz przedstawiający Zmartwychwstanie, pod nim na drewnianym kartuszu postacie Adama i Ewy, w nastawie nowoczesna kompozycja, która zastąpiła po ostatnim remoncie obraz przedstawiający Chrystusa z 1853 roku wykonany przez malarza gdańskiego L. Sy

W dniu 30 listopada 1834 roku odbyło się w nim pierwsze nabożeństwo ewangeliczne, a ostatnie nabożeństwo odbyło się w dniu 31 października1920 roku. W latach 1879-1882 gmina ewangelicka przeprowadziła gruntowny remont kościoła i wybudowała kruchtę zachodnią.

Kościół św. Jakuba jest dwunawowy, o długości 28 m, szerokości 10 m, wysokości 12 m i liczy sobie 220 metrów kwadratowych.

W kruchcie na północnej ścianie widnieje współczesna rzeźba Chrystusa na krzyżu.