Zbudowany w latach 1393-1516.Jest historyczną farą Starego Przedmieścia i należy do grupy największych kościołów gotyckich Gdańsku. W roku 1456 biskup kujawski erygował tu samodzielną parafię. Od 1945 służy rzymskim i ormiańskim katolikom
W roku 1436 przy świątyni powstała szkoła parafialna, znana z dobrego poziomu nauczania i ciesząca się dużą popularnością aż do początków XX wieku. W latach 1622-1945 był głównym kościołem gdańskich ewangelików reformowanych. Odbywały się tutaj nabożeństwa po polsku, angielsku, francusku i niemiecku.
Budowla spłonęła w 1945 roku. Podczas zdobywania Gdańska, kościół został zbombardowany, a później podpalony przez żołnierzy Armii Czerwonej. Runęły wówczas konstrukcje dachowe prezbiterium, nawy południowej i częściowo nawy głównej. Oberwaniu uległa większość sklepień. Zburzone zostały trzy filary międzynawowe. Proces odbudowywania świątyni trwa do dnia dzisiejszego.
Ogromna część wyposażenia nie zachowała się do czasów współczesnych ze względu na pożary, bombardowania, dostosowanie kościoła do celów gospodarczych, a także fakt, że kościół przez ponad 300 lat był świątynią kalwińską,
Na uwagę zasługuje Kaplica Uphagenów z zachowanym epitafium w formie antycznej oraz rokokową drewnianą obudową. Cenna jest piękna kolekcja żyrandoli z XVII wieku uratowanych przed zniszczeniem. W prezbiterium barokowy ołtarzy główny z barokowym obrazem Niepokalanego Poczęcia NPM. W nawie północnej stalla renesansowa z XVII w.
Prowadzone były prace konserwatorskie przy ok. 60 płytach nagrobnych. Wewnątrz kościoła zgromadzono też elementy barokowej snycerki. Zaplanowano odtworzenie empory muzycznej w nawie południowej, z wykorzystaniem części autentycznej stolarki. W zakończeniu nawy północnej zachowana została gotycka chrzcielnica z XV wieku.
Świątynia pw. św. Piotra i Pawła znajdowała się niegdyś nieopodal szkoły średniej kształcącej przyszłych mistrzów piekarstwa i cukiernictwa. W związku z tym, piekarze i cukiernicy gdańscy wyszli z inicjatywą połączania Cechów Piekarzy Polskich we wspólnym dziele budowy ołtarza św. Klemensa Dworzaka – Patrona Piekarzy i Cukierników. Uroczyste poświęcenie Dworzaka nastąpiło 13 sierpnia 2006 roku.
Gdański kościół przy Żabim Kruku to również miejsce, w którym odnaleźć można ślady wielokulturowości historycznego Gdańska. Spoczął w nim na wieki Anton van Obberghen, przybyły z Flandrii architekt i budowniczy tak wspaniałych obiektów jak Wielka Zbrojownia, czy Ratusz Staromiejski. Znajdziemy tu również epitafia szkockiej rodziny Davissonów, której przedstawiciel, Daniel Davisson był mężem prawnuczki Jana Heweliusza. Innymi Szkotami pochowanymi u Piotra i Pawła są rodziny Turnerów i Moore’ów.
Z Armenią łączy Gdańsk obecność wspólnoty ormiańskiej, która ma własną kaplicę w Kościele św. św. Piotra i Pawła. W kaplicy znajduje się obraz Płaczącej Madonny, przywieziony w latach 50. z dawnego Stanisławowa (dz. Ivano-Frankiwsk) przez księdza Kazimierza Filipiaka, wikariusza generalnego katolików obrządku ormiańskiego w Polsce. Tuż przy gotyckim murze kościoła, w tzw. Zaułku Ormiańskim, stoi chaczkar – tradycyjny, kamienny krzyż pochodzący z Armenii i będący symbolem polsko-ormiańskich związków.
