Świątynia jest budowlą gotycką z cegły, jednonawową, posiada jedną wieżę na osi, gwiaździste i prezbiterium i jedną boczną kaplicę. Została wybudowana w 1417 r. w miejscu kaplicy istniejącej przy szpitalu dla ubogich. W 1547 r. w związku z budową fortyfikacji zlikwidowano cmentarz przykościelny i zamurowano główne wejście do kościoła.
Kiedy w Gdańsku zapanowała reformacja, a kościoły katolickie przechodziły na własność poszczególnych wspólnot protestanckich, również Kościół św. Elżbiety stał się świątynią nowego wyznania. Pozostając własnością szpitalnej fundacji był w XVI w. miejscem gdzie odbywały się nabożeństwa dla kalwińskich Szkotów i Niderlandczyków, którzy jako najemni żołnierze służyli w wojskach gdańskich.
Po pięciu wiekach w tym samym kościele, od połowy XIX w. służącym pruskim żołnierzom jako kościół garnizonowy, odbywały się nabożeństwa dla żołnierzy alianckich sił okupacyjnych, stacjonujących w Gdańsku pomiędzy zakończeniem I wojny światowej, a utworzeniem Wolnego Miasta Gdańska.
Na przełomie marca i kwietnia 1945 r. kościół razem z szpitalem przykościelnym zostały spalone przez żołnierzy Armii Czerwonej. Odbudowy kościoła podjęli się księża pallotyni.
Po październiku 1956 r. otrzymano pozwolenie na odbudowę dawnego szpitala, który odtąd pełni rolę domu duszpasterskiego. Po remoncie w 1993 r. kościół otrzymał obecny wystrój wnętrza.
Z Kościołem św. Elżbiety i sąsiadującym z nim Kościołem św. Józefa wiąże się historia o wydarzeniu, które uznać trzeba za przejaw ekumenizmu i dowód na tolerancję dla kulturowej odmienności jaka obecna była w dawnym Gdańsku. Kiedy bowiem w 1678 r. doszło do zamieszek i splądrowania przez tłum klasztoru karmelitów i Kościoła św. Józefa, mnisi szukali schronienia w kalwińskim Kościele św. Elżbiety, gdzie bez wahania im go udzielono. Pamiątką tego wydarzenia i dowodem wdzięczności za bezinteresowną i międzywyznaniową pomoc okazaną karmelitom, było odtąd bicie w dzwony u św. Józefa za każdym razem kiedy umierał kaznodzieja kalwiński z Kościoła św. Elżbiety.
Autor: B.Barski, GOT
Foto: R.Baranowski, Dep. Turystyki, UMWP
