Dzisiejszy kościół pierwotnie powstał poza murami miejskimi, a pierwsze wzmianki o jego istnieniu odnotowano już w 1380 roku.
W ramach kompleksu kościelnego znajdował się tu również Cmentarz Bożego Ciała oraz szpital dla zakaźnie chorych, głównie trędowatych. Z tego właśnie względu unikatowa, przepiękna barokowa ambona umieszczona została na zewnętrznej fasadzie budynku. Świątynia była wielokrotnie niszczona poprzez pożary oraz walki z Krzyżakami, a także w trakcie dyscyplinowania zbuntowanych gdańszczan przez Stefana Batorego.
Parafia Kościoła Polskokatolickiego została zawiązana w 1945 roku, gdy pewnej majowej niedzieli zeszła się tutaj gromadka ludzi, którzy przybyli, by zagospodarować stary polski Gdańsk – a sterczące mury z wypalonymi oczodołami okien doprowadzić do stanu używalności. Ocalałe przy kościele budynki stały się miejscem zamieszkania dla pierwszych pionierów osiedleńców – wyznawców kościoła narodowego. Skupili się oni wokół zniszczonego kościoła.
Podczas ostatniej wojny kościół ucierpiał stosunkowo niewiele, w związku z tym zachował się jego oryginalny wystrój. Uwagę zwraca niezwykle bogate wyposażenie świątyni min. drewniana ambona, która powstała w XVIII wieku na pamiątkę kaznodziei Jakuba Hegge, głoszącego pierwsze protestanckie kazania. Warto podkreślić również liczne wizerunki herbu Gdańska, obecne w różnych miejscach świątyni – kościół tak jak i szpital był na utrzymaniu miasta i w ten sposób refundował magistratowi zaangażowanie materialne. Centralnym elementem świątyni jest barokowy ołtarz z kopią obrazu św. Rodziny Rafaella.
W 2002 roku staraniami obecnego proboszcza otwarty został (w sąsiedztwie kościoła) Pomnik-Cmentarz Nieistniejących Cmentarzy. Symbol łączący przeszłość z przyszłością, pomnik wielowyznaniowego i wielonarodowego Gdańska.
