Fontanna Neptuna zlokalizowana jest w najbardziej reprezentacyjnej części Gdańska - na Długim Targu przed Dworem Artusa. Powstała z inicjatywy burmistrza Bartłomieja Schachmanna i rady miejskiej w 1633 roku.
Pierwszą fontannę zbudowali gdańszczanie na Długim Targu w 1549 roku. Ten skromny obiekt postanowiono w kilkadziesiąt lat później zastąpić nowym, bardziej okazalszym.
W 1606 roku zapadła odpowiednia uchwała Rady Miejskiej, a projekt opracował Abraham van den Blocke, wykuwając następnie basen, trzon i misę oraz postument dla Neptuna. Praca nad wykonaniem i odlaniem posągu boga mórz trwały od 1612 do 1615 roku. W związku z rozbudową Dworu Artusa, a następnie wskutek wojny ze Szwecją, zaniechano myśli o dokończeniu fontanny.
Dopiero dzięki staraniom burmistrza Bartłomieja Schachmanna, symbol związku Gdańska z morzem stanął na Długim Targu w 1633 roku. Rok później dodano żelazną kratę z herbami Gdańska i polskimi orłami. W następnych latach fontannę ponownie zaniedbano, co zmusiło rzeźbiarzy do przeprowadzenia gruntownej renowacji obiektu.
Fontanna została częściowo uszkodzona podczas II wojny światowej. Zaginął wówczas trzon dźwigający czaszę z Neptunem, podczas gdy całe urządzenie wodne rozebrano i przechowano w rożnych miejscach. Po wojnie fontannę zrekonstruowano i uruchomiono ponownie w 1954 roku.
Z czasem Fontanna Neptuna stała się symbolem Gdańska, a jej replika stanęła w Parku Mini-Europa w Brukseli. Jest również miejscem, przy którym najczęściej fotografują się turyści.
Według jednej z gdańskich legend to właśnie Neptun przyczynił się do powstania słynnej gdańskiej nalewki Goldwasser. Oburzony, iż do fontanny wrzucane są monety, uderzył trójzębem w wodę i rozbił złoto w drobne płatki, które odtąd zdobią swym blaskiem wspaniały ziołowy likier.