Marynistyczny wystrój wnętrza nawiązuje do tradycji morskiej regiony.

Kolorystyka wnętrza utrzymana jest w barwach niebiesko-seledynowych, nawiązujących do tematyki morskiej i rybackiej. Wyróżniającymi się elementami wystroju są:

• okazała ambona w kształcie łodzi unoszonej przez wzburzone fale morskiej
• ołtarz główny,  którego podstawą jest łódź rybacka, a boki stylizowane są na żagle.
• witraże ukazujące sceny z życia Matki

Co roku w okresie letnim odbywają się tu koncerty organowe w wykonaniu znanych organomistrzów z kraju i zagranicy. Według opinii znawców, jastarnickie organy mogą konkurować ze słynnymi organami oliwskimi.