Dwa lata później, podczas działań wojennych, został nieznacznie uszkodzony lecz nadal służył wiernym. Dopiero podczas budowy lotniska dla niemieckiego poligonu broni torpedowej, okazało się że stoi na krawędzi planowanego pola wzlotów, na podejściu do dłuższego z pasów startowych.
Dlatego w roku 1941 został przez okupanta wysadzony i rozebrany, a ołtarze i wyposażenie ocalili parafianie. Cegłę rozbiórkową wykorzystano na lotnisku, a gruzem utwardzono drogę z Kosakowa do Dębogórza.
W latach 1945-1946 obok fundamentu zniszczonej świątyni zbudowano tymczasowy drewniany kościołek pw. św. Antoniego wykorzystując poniemiecki barak przeniesiony z pobliskiego lotniska. Barak ten pełni nową rolę do dzisiaj, ponieważ po wojnie władze nie zgadzały się na odbudowę świątyni z powodu lotniska. Dopiero jesienią 2013 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła, aczkolwiek budowla nie może przekroczyć 13,5 m wysokości (5 kondygnacji). Nie wiadomo jaki los spotka drewniany militarno-sakralny zabytek.
