Kościół pw. św. Jakuba Ojców Kapucynów to rektorski kościół w Gdańsku, należący do parafii św. Brygidy archidiecezji gdańskiej, który w obecnym kształcie został wzniesiony w latach 1436-1437 i poświęcił go islandzki biskup Godswinus ze Skalhold.
Pierwszy kościół Św. Jakuba wybudowano w 1414 r. przy szpitalu i przytułku dla żeglarzy. Po splądrowaniu i spaleniu świątyni przez oddziały husytów wybudowano w latach 1436-1437 nowy obiekt. Służył on katolikom do połowy XVI w., a po reformacji przeszedł w ręce protestantów. W 1815 r. wybuch w stojącej obok baszcie prochowej zniszczył szpital i poważnie uszkodził kościół.
Kościół znajduje się na Pomorskiej Drodze św. Jakuba
W czasie wojny wnętrze świątyni zostało całkowicie zniszczone, bracia kapucyni, którzy przejęli świątynię w 1946 roku jako rekompensatę za utratę klasztoru i kościoła we Lwowie, przeprowadzili tu niezbędne prace remontowe: zamontowano ołtarz główny, ołtarze NMP, św. Antoniego oraz ambony. 13 czerwca 1948 r. dokonano uroczystego otwarcia kościoła i poświęcenia ołtarza św. Antoniego.
Kościół pw. św. Jakuba jest przykładem późnogotyckiego przyszpitalnego budownictwa sakralnego, który jako jedyny w Gdańsku posiada renesansowy strop belkowy, dodatkowo zdobi go przeniesiony z Bramy św. Jakuba wczesnobarokowy hełm.