Orientowany, gotycki kościół został wybudowany, jako halowa budowla posiadająca masywną wieżę pokrytą dwuspadowym dachem przesłoniętym od północy i południa dwoma neogotyckimi szczytami. Wnętrze świątyni po wielu remontach i konserwacjach zatraciło surowy charakter gotyku.
Jedyne, oryginalne sklepienie kryształowe zachowało się w zakrystii, a najstarszymi elementami wyposażenia kościoła są renesansowe płyty nagrobne umieszczone w południowej ścianie prezbiterium. Są to płyty starosty lęborskiego i bytowskiego – Joachima Sycewica oraz jego trzyletniej córki, Doroty. Godnym wagi jest także barokowy ołtarz datowany na 1702 rok z malowidłem przedstawiającym scenę ukrzyżowania Chrystusa rozbudowaną o postaci Marii i Marii Magdaleny klęczących u podnóża krzyża.
Kościół znajduje się na Pomorskiej Drodze św. Jakuba
Ciekawym elementem sanktuarium jest tabernakulum z figuralnymi rzeźbami wykonanymi z kości słoniowej, nawiązuje do architektonicznej struktury ołtarza, a także cztery XVIII-wieczne ołtarze boczne: ołtarz św. Antoniego, nastawa ze współczesnym obrazem Marii depczącej węża, ołtarz z obrazem przedstawiającym zdjęcie z krzyża oraz ołtarz poświęcony św. Rodzinie.
Ponadto przy pierwszym od prezbiterium, północnym filarze nawy głównej, nadwieszona jest cenna ambona o formach rokokowych wykonana z polichromowanego drewna i wielokątny baldachim, który wieńczy drewniana rzeźba św. Jakuba. Staraniem oo. franciszkanów w czerwcu 2010 roku do świątyni sprowadzono z Watykanu relikwie I stopnia Jakuba Apostoła. 25 lipca 2010 roku na mocy dekretu Biskupa Pelplińskiego kościół zyskał miano Diecezjalnego Sanktuarium Świętego Jakuba.
Sanktuarium pw. Św. Jakuba Apostoła w Lęborku znajduje się na Szlaku Pomorskiej Drogi św. Jakuba.