Augustianie zostali sprowadzeni do Chojnic w 1356 roku z inicjatywy wielkiego mistrza Winrycha von Kniprode. Zakonnicy zbudowali kościół, jednak w czasie reformacji został on rozebrany, a materiał budowlany przeznaczono na odbudowę kościoła fernego i budynków miejskich. W 1622 roku wybudowano dom klasztorny, który ulokowano na półwyspie, nazywanym odtąd Mnisim Ostrowem. Liczne wojny mające miejsce w tym okresie oraz najazd Szwedów na Polskę spowodował ponowne zniszczenie zabudowy klasztornej Augustynianów.
Pod koniec XVIII wieku powstał nowy, murowany kościół w stylu późnobarokowym, wraz z zabudowaniami klasztornymi. Jednak bracia nie cieszyli się zbyt długo swoją nową świątynia, wkrótce decyzją władz pruskich klasztor został skasowany, a zabudowania stały się własnością katolickiego gimnazjum. Sprzęty liturgiczne przekazano kościołowi farnemu, a zakonnicy przenieśli się do innego klasztoru. Kościół i klasztor przebudowano na mieszkania dla nauczycieli i uczniów. W późniejszych latach pełnił funkcję żłobka miejskiego. Od 1991 roku jest siedzibą Katolickiego Liceum Ogólnokształcącego im. Romualda Traugutta.
Pierwotnie kościół był salowy, zamknięty trójbocznie od strony prezbiterium. W jego wnętrzu znajdowały się trzy barokowe ołtarze i słynący łaskami obraz Matki Boskiej Pocieszenia, który w 1852 r. został przekazany do kościoła parafialnego w Wielu.
Przeprowadzona przebudowa, w związku z przeznaczeniem budynków na konwikt gimnazjum, spowodowała zatarcie późnobarokowych cech budowli. Wnętrze kościoła podzielono na dwie kondygnacje, a z jego wieży usunięto hełm. W narożach pomiędzy korpusem a wieżą znajdują się przybudówki o wklęsłych ścianach, pełniące pierwotnie funkcję klatki schodowej. W przyziemiu wieży zachowało się wejście do kościoła, prowadzące do niewielkiej kruchty.
Wnętrze obiektu nie jest udostępniane dla zwiedzających.
