Poprzez głoszenie Słowa Bożego, św. Wojciech nawrócił i ochrzcił wielu pogan, tu również zaczął swoją daleką misję do pogańskich Prusów, która została zakończona męczeńską śmiercią Wojciecha. W 999 r. nieznany Pomorzanin przewiózł ciało męczennika ze wzgórza do Gniezna.

Kościół w swoim pierwotnym kształcie powstał w XIV w., wieża została wybudowana 100 lat później, jednak prawdziwe zzarne chmury nad świątynią zawisły w 1537 r., kiedy to kościół i klasztor Benedyktynów strawił wielki pożar. Cały obiekt udało się odbudować dzięki biskupowi Stanisławowi Karnkowskiemu.

Najcenniejszym elementem wnętrza kościoła jest ołtarz główny z usytuowanym w jego centrum ogromnym obrazem św. Wojciecha. To bezcenny dar od króla Jana III Sobieskiego. Oryginalnością zachwyca sufit, wyłożony okrągłymi kamieniami przypominającymi chmury, na środku Baranek Boży, a wokół złote gwiazdy i dzwonki.

Na Wzgórzu św. Wojciecha, każdego roku w kwietniu, odbywa się odpust ku czci św. Wojciecha, patrona Gdańska. Każdorazowo odpust ma swój własny kontekst historyczny: tematami przewodnimi poprzednich odpustów były m.in. tysiąclecie śmierci świętego i jego kanonizacji, rok Wielkiego Jubileuszu 2000 lat od Narodzenia Chrystusa, śmierć Jana Pawła II. Odpust zaczyna się w Bazylice Mariackiej, skąd wyrusza pielgrzymka z relikwiami św. Wojciecha, a na Wzgórzu Wojciechowym odprawiana jest Msza Święta z udziałem księży i biskupów archidiecezji gdańskiej.