Zbudowany około połowy XIV w., początkowo jako kaplica pod wezwaniem św. Magdaleny, na miejscu w którym wedle legendy ukazała się Najświętsza Panna. Kościół przeszedł do historii w sierpniu 1980 r. podczas strajków robotniczych w Gdańsku.
W 1374 roku w drodze z Rzymu do Vadsteny w Szwecji, zatrzymał się w Gdańsku kondukt żałobny z doczesnymi szczątkami założycielki zakonu Najświętszego Zbawiciela, Brygidy Szwedzkiej. Mieszkańcy Gdańska oddali głęboki hołd zmarłej, której sarkofag z relikwiami umieszczono najpierw w kościele Mariackim, a następnie w kaplicy pokutnic, gdzie spoczywały przez dwa tygodnie. Wydarzenie wywarło tak wielki wpływ na gdańszczan, że zapoczątkowało to kult św. Brygidy, podtrzymywany przez osiadły w mieście w 1386 r. zakon Brygidek.
W latach 1396-1397 brygidki zbudowały pierwszy, jednonawowy kościółek pod wezwaniem św. Brygidy, który był rozbudowywany aż do XVI wieku, kiedy to świątynię strawił pożar. Początek XVII wieku okazał się bardzo pracowity dla brygidek, gdyż najpierw odbudowały one bryłę kościoła, a następnie nadały jej wnętrzu renesansowy wystrój. Ostateczny kształt nadano świątyni i klasztorowi w pierwszej połowie XVIII w.
Podczas działań wojennych w 1945 r. kościół został spalony i w dużej mierze zburzony. Przez dłuższy czas nie był odbudowywany, a w 1957 r. spłonęły ostatnie zachowane fragmenty więźby dachowej i jeden ze szczytów nawy południowej. Świątynia pozostawała w ruinie do 1970 r., kiedy rozpoczęto jej odbudowę z inicjatywy proboszcza, księdza Henryka Jankowskiego. Prace remontowe i wyposażeniowe trwały do 1987 r., kiedy to w zakrystii umieszczono obraz H. Hana z 1612 r.: „Apoteoza św. Brygidy”.
Ze względu na działalność związku zawodowego Lecha Wałęsy oraz znaczenie, jakie miejsce to miało dla katolików w czasie reżimu komunistycznego, kościół św. Brygidy jest uznawany za swoiste sanktuarium „Solidarności” i pomnik trudnej drogi do wolności, jaką Polska musiała przejść w XX wieku. O tragicznej historii powojennej Polski przypominają rzeźby z metalu dłuta Elżbiety i Rafała Pelplińskich oraz pomnik przedstawiający męczeńską śmierć ks. Jerzego Popiełuszki, autorstwa Wawrzyńca Sampa.
W prezbiterium kościoła rozpoczęto w 2001 r. prace nad stworzeniem z bursztynu wielkiej nadstawy ołtarza głównego, sięgającej sklepienia oraz obejmującej łukiem tabernakulum i mensę ołtarzową. Powierzchnia dekoracji ostatecznie osiągnie 99 m2. przewyższając tym samym Bursztynową Komnatę. Monumentalny bursztynowy ołtarz o wysokości 11 m i szerokości 6 m będzie miał formę tryptyku z obrazem Matki Boskiej Świata Pracy w centralnej części. Obecnie w kościele podziwiać można fragmenty tworzonego ołtarza oraz wspaniałą bursztynową monstrancję autorstwa Mariusza Drapikowskiego.
