Następnie zgłosił się do Wojska Polskiego i brał udział w wojnie polsko-ukraińskiej i polsko-sowieckiej. Przez okres międzywojenny pozostawał w czynnej służbie, a awans na stopień pułkownika otrzymał w roku 1931.
Pod koniec lipca 1939 płk Dąbek został wyznaczony dowódcą Morskiej Brygady Obrony Narodowej i pełnił obowiązki dowódcy Lądowej Obrony Wybrzeża. Podczas kampanii wrześniowej dowodził siłami lądowymi w Gdyni, organizując aktywną obronę miasta i przedpola. Po blisko dwóch tygodniach walk, rozkazał opuścić miasto aby uniknąć zniszczeń i wycofał wojska na Kępę Oksywską. Tutaj przez tydzień trwały ciężkie walki, a wobec rosnącej siły wojsk niemieckich, oddziały polskie zostały rozbite. W tej sytuacji sam stanął na linii frontu i wieczorem 19 września został ranny. Nie godząc się z przegraną odebrał sobie życie strzałem w głowę. Pochowany został w rejonie ostatnich walk, przy północnej odnodze wąwozu Babi Dół, w asyście około 20 polskich i 4 specjalnie wydelegowanych niemieckich oficerów. Miejsce to zostało upamiętnione pomnikiem, który obecnie znajduje się na zamkniętym terenie 43. Bazy Lotnictwa Morskiego w Babich Dołach.
Dziś prochy pułkownika spoczywają na cmentarzu w Gdyni-Redłowie, a epitafium na grobie głosi „Pokażę Wam jak Polak walczy i umiera”. Pułkownik Stanisław Dąbek został pośmiertnie awansowany na stopień generała brygady.
