W roku 1993, na wniosek biskupa pelplińskiego Jana Bernarda Szlagi, Jan Paweł II nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej. Ten tytuł honorowy, któr otrzymują kościoły wyróżniające się wartością zabytkową, bądź ze względu na walory liturgiczne lub tymi dwiema wartościami, tak jak to jest w przypadku bazyliki chojnickiej, to niezwykły zaszczyt i wyróżnienie. Udzielenie tego przywileju podkreśla związek ze Stolicą Piotrową i znaczenie świątyni w okolicy.
Kościół ten jest najstarszą, zachowaną budowlą sakralną w Chojnicach. Budowę świątyni rozpoczęto w XIV wieku, na miejscu starego, drewnianego Domu Bożego. Halowy, trójnawowy, z wydzielonym prezbiterium i wieżą prezentuje stul pomorskiego gotyku. Wielokrotnie niszczony przez pożary związane z przebiegiem wojen, dewastowany, okradany i z uporem odbudowywany. W okresie reformacji luteranie zawładnęli kościołem.
Po jego odzyskaniu dobudowano trzy kaplice: św. Anny, św. Marii Magdaleny oraz Najświętszej Marii Panny. Do czasów współczesnych przetrwała jedynie kaplica NMP , w której znajduje się replika Pięknej Madonny z kościoła świętych Janów w Toruniu. W kościele niestety nie zachował się oryginalny wystrój. Jednym z nielicznych elementów które przetrwały jest barokowa chrzcielnica w kształcie kielicha, z początku XVIII w. Wykonana jest z drewna, a jej pokrywę zwieńcza rzeźba Chrystusa i św. Jana. Uratowany z pożaru neogotycki drewniany ołtarz główny został zastąpiony ołtarzem ze srebra, na którym widnieją sceny z ewangelii.
W trakcie ostatnich prac archeologicznych odnaleziono w krypcie kościelnej, kilka pochówków z okresu średniowiecza, a jeden z nich można nawet oglądać przez szklaną posadzkę. To właśnie tu pochowany został wybitny malarz gdański, Herman Han, który mieszkał w Chojnicach przez ostatnie lata swojego życia. Do jego najbardziej znanych dzieł artysty należą: Koronacja Najświętszej Marii Panny, Trójca Święta, Wniebowzięcie NMP, Koncert anielski.
