Usytuowaną w centrum wsi Marzęcino świątynię zbudowano w 1852 r. jako zbór luterański. Obecny kościół posadowiony jest w miejscu poprzednich budowli sakralnych, zniszczonych przez kolejne pożary w 1840, 1748, 1811 i 1849 r.

Drewniana konstrukcja słupów i belek łączonych ryglami wypełniona została czerwoną cegłą. Kościół zdobi kilkukondygnacyjna wieża wyposażona w 2 dzwony, zwieńczona smukłym hełmem i wykończona pionowo oszalowanymi szczytami. Mury świątyni wzmocnione są niskimi przyporami.

Pięcioboczne prezbiterium, którego strop zdobią drewniane, ażurowe podpory, mieści klasycyzujący ołtarz z obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej. Salową bryłę jednonawowego kościoła zdobią ołtarze boczne w formie mozaikowych kompozycji przedstawiających św. Józefa i Najświętsze Serce Jezusa. W kościele znajduje się również prospekt organowy z rzeźbami aniołów dmących w trąby.

Kościół w 1945 roku przejęli katolicy. 2 października 1947 roku administrator diecezji gdańskiej ks. Andrzej Wronka erygował parafię, w skład której wchodzą dziś miejscowości: Marzęcino, Gozdawa, Kępiny Małe, Nowinki, Orliniec, Osłonka, Powalina, Wężowiec. Od 1992 r. parafia należy do diecezji elbląskiej. Warto pamiętać, iż Marzęcino (niem. Jungfer) posiada wielowyznaniowe tradycje. Kiedyś oprócz luteran, mieszkali w nim menonici, dziś sąsiadami katolików są greko-katolicy, którzy przybyli na Żuławy w ramach akcji „Wisła”.