Muzeum jest państwową instytucją kultury podległą Ministrowi Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Przez ponad 40 lat istnienia Muzeum zwiedziło kilka milionów ludzi z całego świata.

Muzeum Stutthof w Sztutowie obejmuje część terenu byłego hitlerowskiego obozu koncentracyjnego o tej samej nazwie. Obecna jego powierzchnia to 20 ha (obóz w końcu 1944 roku obejmował ok. 120 ha).

Zaczął działać od 2 września 1939 roku do 9 maja 1945 roku.

Na udostępnianej do zwiedzania powierzchni zachowało się kilkanaście budynków i reliktów świadczących o tragicznej przeszłości tego terenu, m.in. kilka drewnianych baraków więźniarskich z lat 1939-1940, były budynek komendantury obozu, krematorium i komora gazowa.

Większa część infrastruktury byłego obozu została jednak zniszczona lub rozebrana w kilka lat po zakończeniu wojny, gdy teren nie miał swojego prawnego opiekuna. Nad całością terenu góruje od 1968 roku monumentalny Pomnik Walki i Męczeństwa projektu W. Tołkina. Artysta ten jest również autorem zrealizowanej koncepcji upamiętnienia całego terenu byłego obozu.

Wystawy stałe i czasowe dokumentujące historię okupacji Pomorza Gdańskiego, dzieje obozu Stutthof oraz los przebywających w nim więźniów eksponowane są w oryginalnych budynkach poobozowych. Trasa zwiedzania jest dodatkowo oznaczona kilkudziesięcioma tablicami historycznymi ze zdjęciami archiwalnymi.

Na zwiedzanie terenu i wystaw należy poświęcić około 2 godzin. Wszelką pomoc i informację można uzyskać w Biurze Obsługi Zwiedzających umieszczonym w dawnej wartowni zaraz przy głównym wejściu na teren Muzeum. Tam tez można nabyć wiele wydawnictw tematycznie związanych z historią Stutthofu. Do stałej dyspozycji zwiedzających jest również kino prezentujące filmy dokumentalne: przede wszystkim kroniki radziecką i polską z lat 1945-1946.

Muzeum jest jedną z najbardziej znanych placówek muzealnych i naukowych w krajobrazie historycznym Pomorza Gdańskiego. Dzieje się tak z jednej strony poprzez bezpośrednie związki Stutthofu z dziejami eksterminacji pomorskiej tzw. „warstwy przywódczej” w okresie 1939-1945 (polski kontekst postrzegania), wielonarodową strukturę osadzanych w obozie więźniów pochodzących z 28 państw świata (kontekst międzynarodowy), jak również dogodne położenie miejsca pamięci na terenach często odwiedzanych przez duże grupy turystów z Polski i świata.